1910年,臺北帝國大學附屬醫院(臺大醫院前身)成立齒科學教室,此為臺灣大學牙醫學系的前身。於1953年正式成立牙醫學系,由郭水教授出任第一任系主任,並自1955年開始招收第一屆牙醫學系大學部學生。歷經多位系主任以及系上各位師長的共同努力,於1988年成立牙醫科學研究所碩士班、三年後增設博士班,並於1996年正式更名為臨床牙醫學研究所。為使臨床及基礎研究有所區別,口腔生物科學研究所也於1997年應運而生。2008614日校務會議通過,整合一系兩所正式成立牙醫專業學院,並由林俊彬教授出任第一任院長。