1910年，日本臺北帝國大學附屬醫院 (臺大醫院前身) 成立齒科學教室，此為臺灣大學牙醫學系的前身。光復翌年，郭水教授進入臺大醫學院，負責講授齒科學，並兼任附設醫院牙科部主治醫師。當時醫學院院長杜聰明博士接受美籍顧問Dr. Harold W. Brown之建議，於1953年正式成立牙醫學系，由郭水教授出任第一任系主任，並自1955年開始招收第一屆牙醫學系大學部學生。在歷經郭水主任、洪鈺卿主任、陳坤智主任、關學婉主任以及系上各位師長的共同努力後，於1988年成立牙醫科學研究所碩士班、三年後增設博士班，並於1996年正式更名為臨床牙醫學研究所，且於2001年開始招收碩士學位在職專班學生。1997年口腔生物科學研究所成立，成為牙醫學相關的第三個學術單位。2008年6月14日經臺灣大學96學年度第2學期第2次校務會議通過後，牙醫專業學院正式獲准成立，成為全國第一個牙醫專業學院，並由林俊彬教授出任第一任院長。