本系的課程是依據明訂的五項牙醫系教育目標所規劃符合學生7項核心能力培養之課程架構。其內容所設計的主要機制是透過課程委員會的功能運作,根據師生對課程意見回饋,開會檢討修正課程規劃與實施情形以進行教學改進與提升教學品質。檢討內容除了課程之外,也涵蓋系所的空間與設備、教師教學與研究所需及相關人力提供教學支援服務等問題。此外,本系對學生的修課輔導機制特別採取雙導師制,除了關心個別學生以外,也能統整各年級學生總體事務,使學生能達到良好的學習目標。至於教師本身的教學專業成長也藉著參與各種進修機會及研習營來達到校方「邁向頂尖、追求卓越」之政策。藉此教學相長之良性循環,師生都能更進一步培養所需的核心能力來達到所期許的教育目標。