國立臺灣大學牙醫專業學院牙醫學系設立宗旨為追求卓越之牙醫科學(Science)、增進全民之口腔健康(Health)及培養卓越之牙醫人才(Elite)。藉由集自然科學、生物醫學和工藝科學於一體的牙醫學教育課程,培養具有生物醫學背景、技術精巧、具有人文素養與社會責任之優秀牙醫師;此外,本系對牙醫學領域中基礎牙醫學與臨床牙醫學之教學二者並重,啟發牙醫系畢業生對牙醫學基礎研究及臨床技術的興趣,訓練具有國際觀、術德兼備之口腔醫學專業人才,以提高我國牙醫學學術及醫療水準。
臺大牙醫學系的教育目標為提供專業素養(Professionalism)、卓越領導(Outstanding)、國際視野(Worldwide)、人文倫理(Ethics)及社會關懷的學習環境(Responsibility)。期望在這樣的教育目標(POWER)下,可以培養出具備團隊合作能力(Teamwork)、國際視野(Worldwide)、專業素養(Professionalism),能擔當社會責任(Responsibility),具原創性思維(Originality)、理性溝通(Understanding)與牙醫科學(Dentistry)等7項核心能力之牙醫人才。進一步推動全人化的教學,希望從全方位的全人教育的角度來培養優秀的牙醫師,期許本系可以成為臺灣之光、臺灣的驕傲(TW PROUD)。在學生學習與學生事務上著重互動學習與國際交流。由「專業素養」、「卓越領導」、「國際視野」、「人文倫理」與「社會關懷」的課程規劃中使學生達到良好的學習目標與卓越之專業素養與社會關懷。

為了追求卓越之牙醫科學,臺大牙醫學系師資除本系專任教師之外,並以臨床牙醫學研究所、口腔生物科學研究所兩所教師為課程與臨床教育之合聘師資,於研究領域方面亦相互分享資源,常聯名發表論文於知名國內外期刊並多次獲獎。於專業領域方面,本系教師亦依其專業而參加專科學會與其他學會,常為學會之主要幹部與期刊之重要編輯委員,以自身之專業提升整體牙醫界能量。在研究方面,則分為六大研究群,各研究群之研究人力,由本系與臨牙所、口生所並與其他研究所進行跨領域合作,並取得多項專利,研發能量充足。

此外,也借重各教師之研究專長,及臺大豐沛且多元的學術資源,積極與校內外學術單位建立研究合作管道,進而結合成跨領域合作團隊,以增進研究之廣度及深度,發展跨領域的整合型學術研究合作計畫。本系教師積極申請國科會、國衛院、臺大醫院及衛生署等整合型研究計畫經費補助並擔任主持人或協同參與,申請通過率高且執行計畫成果卓越,傑出研究常發表於國內外知名期刊。後續積極與民間研發機構或產業界接觸,發展產學合作計畫。目前由本系教師擔任主持人與參與之產學合作計畫,所研究的領域,包括:口腔生醫材料研發、影像分析技術及精密手術器械之創新設計,並加強產官學結合,推動學界之技術轉移產業界,希望將學術研究的成果應用於相關產業,創造知識經濟的價值。

為增進全民健康,因應臺灣現代社經型態的變遷,導致生活型態改變,而衍生不同型態的口腔疾病,以及為了醫療科技發展與醫療國際化的需求,本系積極充實系所師資與研究人力,整合及爭取相關醫療和研究資源,致力於學術專長與社會健康醫療照護需求相結合,針對現今社會重大口腔疾病醫療與保健需求,進行深入的致病機轉研究探討,並積極研發各種預防與治療策略與方法,同時參與醫療器械與材料的研發,期望提供全民最佳的口腔醫療照護與醫療品質。本系教師因兼任臺大醫院主治醫師職務,故配合臺大醫院院方醫療體系發展需求與醫療服務規劃,於總院提供醫療照護外,本系教師同時也支援分院之牙科醫療服務,除獲得分院當地民眾的好評外,更榮獲醫療團隊獎的肯定。此外,還提供臺大師生口腔醫療服務,於特定國小或社區提供免費學童口腔健檢服務,以及寒暑假到偏遠地方進行義診服務,表現對社會的關懷與回饋,並以衛教方式提供民眾正確的口腔保健觀念及養成良好口腔衛生習慣,預防口腔疾病的產生,以維護口腔健康提高生活品質。

在職進修方面,本系老師積極參與臨床再教育的訓練工作及設立碩士在職專班,讓在職牙醫師可以有系統的瞭解與學習牙醫學臨床新知與技術發展,以提升國內牙科臨床醫療水準。臨床牙醫學研究所、口腔生物科學研究所研究生之指導方面,本系老師亦為共同指導之師資,於研究生指導教授規範下,以合聘師資的方式指導學生,並在資源共享的前提下與他院所之教師合作,提供跨院際研究生,進行跨領域研究計畫。教師們常帶領學生參與國內外大型學術會議,以口頭發表或海報張貼研究所得之論文,增廣研究生之國際視野。多次主辦或協助辦理國內外學術研討會,亦積極邀請國內外於該領域專精或頂尖之學者來院演講,與系師生座談,藉由頻繁的與國際研究學者交流以期與國際學術研究接軌。除了安排研究生選修討論會的課程,排定時程由每位研究生報告所執行之研究的相關內容,以其研究成果能夠在師生集思廣益的方式下獲得更豐碩的成績,並且鼓勵研究生發表研究成果,如參與國內外研討會之口頭或貼示報告、期刊論文發表等。

為了培養卓越之牙醫人才,除了著重學術研究領域的發展之外,本系教師同時致力於教學品質提升之相關整合型計畫,期望能為國內牙醫學教育政策擬定、教育成效評估以及教學方式的改進,做出實質的貢獻與建議。由於本系招收之學生均為國內之菁英,且近三年報到率為100%,畢業校友國考通過率為98%,而校友中有25%選擇繼續攻讀國內外之研究所,這些數據充分反映出本系辦學之宗旨與目標。同時,為落實教育目標及提升教學研究水準,因此以94至96學年度牙醫學系畢業生為對象,作一整體且有系統的問卷調查,以期了解畢業生之能力是否符合本所設立目標的期望,並能獲得反應回饋,做為未來改善參考,從而希望達到「止於至善」之境界。